提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
海外侨胞热议二十大:发挥侨力量 搭建“双向桥梁”******
(中共二十大·声音) 海外侨胞热议二十大:发挥侨力量 搭建“双向桥梁”
中新社北京10月23日电 题:海外侨胞热议二十大:发挥侨力量 搭建“双向桥梁”
作者 徐文欣 金旭 门睿
中共二十大22日在北京闭幕。海外侨胞受访时表示,共同致力中华民族伟大复兴,侨胞们义不容辞,会始终以坚定的信心与中国同行。
回首:与祖(籍)国坚定同行
波兰华人北方商会会长石立仁称,这些年有幸见证了“一带一路”倡议在波兰被广泛接受,其中蕴含的市场潜力让当地华商搭乘合作共赢的快车,获得商机。
石立仁相信,中共二十大后,“一带一路”朋友圈会越来越大。海外华商也会身体力行,积极牵线搭桥,成为“一带一路”倡议的参与者和推动者。
“祖国完全统一一定要实现,也一定能够实现。”西班牙中国和平统一促进会主席徐松华对二十大报告中的这句表述印象深刻。他表示,海外侨胞热切期盼中国实现完全统一,将一如既往地坚定支持统一大业,为实现中华民族伟大复兴作出更大贡献。
体悟:为世界贡献中国智慧
“二十大为中国未来发展指明了清晰方向,中国正处在一个大有可为的时代。”菲律宾菲龙网副主编粘姗姗表示,海外华文媒体深感责任重大,会积极传播中华优秀传统文化,更努力地向菲律宾乃至世界讲好中国故事。
“中国对外开放、合作共赢的诚意会被更多人看到。”粘姗姗相信,随着中国与世界互动越来越密切,会有更多中国企业迈出国门,带着成熟的技术、先进的经验同当地开展经济合作,成为可靠的合作伙伴,为世界经济注入活力。
西班牙巴塞罗那青田同乡会会长周建虹表示,中国在过去十年间取得的成就有目共睹,相信中国共产党将继续带领中国人民在建设富强民主文明和谐美丽的社会主义现代化强国的道路上不断前行。身为海外华侨,愿不遗余力推动中西友谊不断加深。
中华海外联谊会常务理事乐桃文表示,“人民”一词在二十大报告中高频出现,反映了人民在中国共产党心中的地位。
展望:全面搭建“双向桥梁”
北欧国际交流协会会长季展有表示,遍布世界的华侨华人将承继使命,在中国式现代化的广阔舞台上,发挥侨力量,做传播中华文化的民间使者,推动中华文化更好地走向世界。
希腊《中希时报》总编辑汪鹏表示,将进一步向当地社会讲好中国故事,传播好中国声音,搭建“双向桥梁”,进一步展示真实、立体、全面的中国。同时,也希望以2022年中希建交50周年为契机,巩固两国传统友谊,深化人文交流。
加拿大红枫林传媒董事长谷剑云表示,未来将继续推进华文媒体融合发展,以多元传播渠道向住在国民众传递新时代中国声音,以真实生动的中国故事在世界人民面前展开一幅幅美丽中国画卷。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)